هذا يعتمد على طبيعة استخدامك لجهازك ، و كبداية يجب أن تضع في اعتبارك أن نظام الملفات NTFS يعمل بشكل أبطئ من نظام FAT32 و ذلك لأن النظام الأول يحمل الكثير من البرامج في الذاكرة مما يسبب بطئا في العمل ، لهذا يعتبر نظام FAT32 الأسرع و يحتاج الى ذاكرة أقل و من هذا المنطلق فإن ويندوز 2000 مع FAT32 يتفوق بالسرعة على ويندوز 98 أو ويندوز مي ، بالنسبة لنظام NTFS فهو يتفوق على نظام FAT32 من ناحيتين : الأولى و هو أنه نظام مستقر جدا و يكون ظهور أخطاء أو مشاكل في القرص الصلب مع هذا النظام أمر شبه مستحيل كما أنك تتخلص من الحاجة الى إعادة التشغيل كلما نصبت برنامجا جديدا ، ثانيا: يعتبر مقدار الأمان الذي يوفره هذا النظام ممتازا فكل ملفاته تكون مشفرة ب 40 أو 56 بت وبعد تنصيب Windows 2000 strong security pack ممكن الحصول على 128 بت تشفير